W tych ciężkich czasach wielu mieszkańców przychodziło do kościoła jezuitów na Starówce i prosiło świętego Andrzeja o ratunek dla siebie i swoich bliskich. Na przykład Elżbieta Ruszkowska, której świadectwo znalazło się w książce „Boży wojownik. Opowieść o świętym Andrzeju Boboli”, wspominała, że mieszkańcy kamienicy przy ulicy Mokotowskiej 40, w której mieszkała jej rodzina, zagrożeni eksmisją spotkali się kiedyś właśnie u Matki Bożej Łaskawej na mszy świętej zamówionej w intencji uchronienia ich od wygnania i gorąco modlili się o ratunek do świętego Andrzeja. Po mszy dostali medaliki z jego wizerunkiem. Niemcy wkrótce zrezygnowali z eksmisji, co mieszkańcy kamienicy uznali za cud wymodlony przez Bobolę. Rodzina pani Elżbiety do dzisiaj przechowuje ten medalik jako cenną pamiątkę.

Jak to się stało, że relikwie męczennika znalazły się w kościele na Starym Mieście?

Pod koniec września 1939 roku podczas bombardowania Warszawy pociski artyleryjskie trafiły w kaplicę jezuickiego domu przy ulicy Rakowieckiej. Wykonana ze szkła i srebra trumna z relikwiami świętego Andrzeja Boboli, która stała w tej kaplicy, została nieznacznie uszkodzona w kilku miejscach. Ojcowie jezuici postanowili więc przenieść ją do kościoła Matki Bożej Łaskawej na Starówce. Mieli nadzieję – jak się okazało, płonną – że gęsta zabudowa nie będzie celem tak zaciekłych ataków wroga. Przeniesienie ważącej 250 kilogramów trumny nie było takim prostym przedsięwzięciem., zwłaszcza że nie było żadnego środka transportu. 27 września, w dzień kapitulacji stolicy, zawinięto ją w dywan, żeby nie wzbudzać niepotrzebnego zainteresowania. Grupa ludzi ruszyła w stronę Starówki niosąc ją na ramionach. Zanim doszli do ulicy Puławskiej, na półtorakilometrowej trasie spotkały ich dwa naloty i ostrzał artyleryjski, ale szczęśliwie nikt nie został raniony, a relikwie ocalały. Pochód został też zatrzymany przez niemiecki patrol, ale kiedy żołnierze zobaczyli trumnę i księdza, uznali, że mają do czynienia z pogrzebem, jakich wiele było w tamtych dniach w Warszawie, i przepuścili kondukt. Na ulicy Puławskiej trumnę zgodził się podwieźć właściciel przygodnie napotkanego wozu. Jeszcze tego samego dnia relikwie znalazły się w kościele Matki Bożej Łaskawej.

Warto przypomnieć, że św. Andrzej Bobola posługiwał przy tym kościele w latach 1636-1637.

Tuż przed wybuchem powstania warszawskiego, kiedy na pobliskiej ulicy Świętojańskiej wybuchł pożar, jezuici postanowili przenieść trumnę ze szczątkami świętego Andrzeja w bezpieczniejsze miejsce, za jakie uznali dominikański kościół świętego Jacka – potężną budowlę z grubymi murami i solidnym podpiwniczeniem. Złożyli ją tam na ołtarzu w bocznej nawie. Dobrze zrobili, bo wkrótce ich własny kościół Niemcy wysadzili w powietrze w czasie powstania. Siła eksplozji była tak wielka, że zawaliły się nawet piwnice.

Pod koniec sierpnia, gdy na Starówce trwały ciężkie walki, jezuita o. Józef Warszawski (ten sam, który przed wojną napisał scenariusz do filmu o świętym Andrzeju Boboli), kapelan zgrupowania Armii Krajowej „Radosław”, z pomocą akowców przeniósł trumnę Boboli z Armii Krajowej, postanowił z pomocą żołnierzy AK przenieść relikwie z górnego kościoła św. Jacka do podziemi. Brodząc po kostki w wodzie płynącej z uszkodzonych rur postawili oni sarkofag między trumnami sprzed wieków i przykryli go dla niepoznaki czarnym materiałem.

W kościele świętego Jacka mieścił się duży szpital polowy i wiele osób szukało tam schronienia. Niemcy dobrze o tym wiedzieli, jednak nie powstrzymało ich to przed bombardowaniem. Budynek nie wytrzymał zmasowanego ognia i w pewnym momencie zawaliło się w nim sklepienie, grzebiąc pod gruzami ponad tysiąc osób. Relikwie jednak jakimś cudem ocalały. Nawet srebrna trumna nie stała się łupem szabrowników.

Niemal nienaruszona trumna ze szczątkami męczennika wróciła na Rakowiecką w lutym 1945 roku, po wkroczeniu do Warszawy Armii Czerwonej.