Nawracał prawosławnych na katolicyzm, działał na Kresach (a w PRL wszystko na wschód od Bugu miało być terenami rdzennie rosyjskimi), był związany z unitami (a oni „nie istnieli”). Ale największą jego przewiną było to, że w 1920 roku Polacy modlili się do niego o ocalenia przed bolszewikami i był on świętym od „cudu nad Wisłą”, a w PRL nie istniało coś takiego jak Bitwa Warszawska. W czasach rządów komunistycznych św. Andrzej Bobola przez władze był traktowany jakby był wrogiem przyjaźni polsko-radzieckiej.

Został więc skazany na całkowite zapomnienie. Nie można było drukować obrazków z jego podobizną. Praktycznie nie można było wspominać o nim w prasie, nawet negatywnie. Tylko w niskonakładowych publikacjach Stowarzyszenie Ateistów i Wolnomyślicieli można było przeczytać, że „Andrzej Bobola stał się natomiast postacią-hasłem polityki zewnętrznej «posłannictwa Polski na wschodzie», «misji dziejowej» i «przedmurza chrześcijaństwa»”. Komunistyczna cenzura nie pozwalał na jakikolwiek wzmianki o nim. Nawet powieść Jana Dobraczyńskiego o św. Andrzeju Boboli nie mogła się ukazać, a przecież ten autor u schyłku PRL był bardzo blisko związany z obozem władzy.

To częściowo tłumaczy dlaczego św. Andrzej Bobola jest tak mało znany. A w okresie międzywojennym był on najpopularniejszym polskim świętym. Nawet wielu mieszkańców Warszawy nie zdaje sobie sprawy, że w ich mieście spoczywają relikwie tak wielkiego świętego.