23 czerwca 1922 r. bolszewicy sprofanowali relikwie bł. Andrzeja Boboli, które znajdowały się w kościele w Połocku. Ponieważ nie powiodła się akcja skompromitowania Kościoła i religii katolickiej, miesiąc później, 20 lipca komuniści siłą porwali relikwie i wywieźli je do Moskwy, gdzie złożono je w gmachu Wystawy Higienicznej Ludowego Komisariatu Zdrowia jako eksponat.
W lipcu 1921 r. były nuncjusz w Polsce abp. Achilles Ratti został kardynałem. Sześć miesięcy później, w lutym 1922 r., został wybrany na Stolicę Piotrową jako Pius XI. Postać męczennika Andrzeja Boboli była mu znana. Wiosną 1920 r. abp. Ratti rozmawiał z Józefem Piłsudskim o możliwości zbrojnego zajęcia Połocka, w którym znajdowały się relikwie apostoła Polesia. W 1938 r. wspominał: „Pewnego razu, kiedy jeszcze byłem w Warszawie, zaprosił mnie Naczelnik Państwa Piłsudski do Wilna. Jechaliśmy i rozmawialiśmy całą noc. Rozmowa zeszła na relikwie Andrzeja Boboli, znajdujące się wówczas w Połocku, których odebranie z rąk bolszewickich natrafiało na trudności. Piłsudski, jako że był to mąż śmiały i przywykły niezwykłych używać środków, chciał relikwie odebrać zbrojną ręką. Nie doszło do tego, bo czasy były tego rodzaju, że Polsce wielkie groziły niebezpieczeństwa i bezpośrednio potem rozgorzały walki.”
Dopiero klęska głodu, jaka nastała w Rosji Radzieckiej w następstwie polityki rolnej, umożliwiła odzyskanie trumny z relikwiami bł. Andrzeja Boboli. Aby przyjść z pomocą ludności ginącej z głodu, papież Pius XI ustanowił misję ratowniczą, która (podobnie jak misje humanitarne z innych krajów) od czerwca 1922 niosła pomoc potrzebującym na terenie Rosji Sowieckiej. Kierował nią amerykański jezuita o. Edmund Walsh. Do pomocy przydzielono mu bliskiego przyjaciela, również jezuitę o. Louisa Gallaghera. Wybór obywateli amerykańskich był zapewne nieprzypadkowy. Otrzymali oni od rządu Stanów Zjednoczonych status dyplomatów. O. Walsh był wytrawnym znawcą dyplomacji i spraw międzynarodowych – założył kilka lat wcześniej wydział służby dyplomatycznej (School of Foreign Service) na Uniwersytecie Georgetown. Oprócz niesienia pomocy potrzebującym misja prowadziła negocjacje z władzami sowieckimi w imieniu Kościoła katolickiego. Zabiegano m.in. o uwolnienie uwięzionych abp. Jana Cieplaka i ks. Konstantego Budkiewicza. Ci jezuici otrzymali również specjalną misję od Piusa XI - odszukanie relikwii bł. Andrzeja Boboli. To zadanie miało dla papieża istotne znaczenie – choć nadal pozostaje zagadką, dlaczego. Już w sierpniu 1922 r.
Pius XI zwrócił się do władz sowieckich za pośrednictwem misji o wydanie ciała Andrzeja Boboli. Przebywający w Moskwie jezuici wybrali się 3 września 1922 r. września na Wystawę Higieniczną jako zwykli zwiedzający, ale relikwie były już wyniesione do magazynu.
Pius XI za pośrednictwem o. Walsha trzykrotnie zwracał się do władz moskiewskich z żądaniem wydania relikwie. Dwie pierwsze prośby pozostały bez odpowiedzi. Dopiero w lipcu 1923 r. bolszewicy zgodzili się przekazać relikwie, aby można je było wywieść do Rzymu.
W wielu żywotach św. Andrzeja Boboli można przeczytać, że Sowieci zgodzili się na żądanie papieża z poczucia wdzięczności za otrzymaną pomoc dla głodujących. O. Gallager utrzymuje, że komuniści byli wyjątkowo niewdzięcznymi odbiorcami pomocy. Kremlowscy władcy byli obojętni na los swych poddanych – na przykład w czasie głodu sprzedawali zboże za granicę. Komuniści nie robili nic za darmo, ich decyzja pochodziła z czystego wyrachowania. Zgodzili się mając na uwadze międzynarodową pozycję Stolicy Apostolskiej. W tamtym czasie bowiem usilnie zabiegali o uznanie swych rządów na arenie międzynarodowej. 8 września 1923 r. kierujący misją o. Edmund Walsh spotkała się z Gieorgijem Cziczerinem, który pełnił funkcję Ludowego Komisarza Sprawa Zagranicznych (odpowiadającą ministrowi spraw zagranicznych) w sprawie przejęcia relikwii. Władze sowieckie kładły nacisk, aby przewiezienie odbyło się w jak największej tajemnicy i drogą omijającą Polskę. Wszelkie koszty pokrywała Misja.
Pojawiła się kwestia identyfikacji zwłok. Odrzucono prośbę, aby dokonał tego przebywający w więzieniu abp. Cieplak. Do muzeum nie dopuszczono również znającego dobrze relikwie ks. Leonarda Baranowskiego, gdyż był on Polakiem. Sugerowano Niemca lub Litwina, ale nie był takiego, który by znał relikwie. Ks. Baranowski sporządził jednak dokładny opis ciała, który doręczył o. Walshowi.
21 września 1923 r. ojcowie Walsh i Gallagher udali się na Wystawę Higieniczną w towarzystwie podsekretarza stanu Komisariatu Spraw Zagranicznych i trzech czekistów. W jednym z pomieszczeń z rupieciami stała trumna z relikwiami bł. Andrzeja Boboli. Szyby umieszczone w bocznych ścianach relikwiarza umożliwiły obejrzenie ciała, które uznano za identyczne z tym, które opisał ks. Baranowski. Ponieważ na zwłokach nie było żadnego ubrania, dwaj jezuici mogli zobaczyć ślady męczeństwa, którego opis znali z brewiarza.
Całe przedsięwzięcie zostało uznane za misję dyplomatyczną. O. Gallagher został mianowany kurierem dyplomatycznym rządu sowieckiego i otrzymał paszport dyplomatyczny, osobiście podpisany przez Cziczerina.
Zdecydowano się na drogę przez Odessę i Konstantynopol, uzyskano wagon towarowy i postarano się o stosowne pozwolenia celne od ambasadorów tureckiego i włoskiego. Nadto ambasador turecki napisał specjalny do zarządcy portu w Stambule list, w którym nakazywał udzielenie wszelkiej możliwej pomocy. List przydał się później, gdy strażnicy portowi za bardzo zaczęli się interesować tą dyplomatyczną przesyłką.
Tymczasem 25 września zażądano od Walsha, by w protokole dotyczącym wywiezienia ciała dodał jako pełnomocnik Watykanu zobowiązanie, że relikwie będą zawiezione wprost do Rzymu i ani w całości, ani w części nie będą przekazane nikomu bez uprzedniej zgody władzy sowieckiej. Chodziło oczywiście o Polskę. Walsh odmówił, opierając się na tym, że zmieniłoby to zasadniczo umowę rządu z Watykanem i wymagałoby nowych pertraktacji w tej sprawie. Wydawało się, że wszelkie dotychczasowe starania poszły na marne. Jednak po całodziennej naradzie bolszewicy zrezygnowali z dodatkowego warunku, o czym zawiadomili Walsha telefonicznie następnego dnia. Aby sprawy nie przedłużać i narażać całego przedsięwzięcia na kolejne trudności, zdecydowano jak najszybciej wywieźć relikwie.
3 października Walsh i Gallagher udali się do muzeum wraz z przedstawicielami władz sowieckich oraz „obstawą” czekistów. Relikwiarz został starannie opakowany i umieszczony w wielkiej skrzyni. Opieczętowano ją pieczęciami Papieskiej Misji i Centralnego Biura Celnego. Podczas drogi relikwiom miał towarzyszyć o. Gallagher. Podczas całej podroży przesyłka wzbudzała spore zainteresowanie przedstawicieli sowieckiej administracji. Na szczęście o. Gallager był zaopatrzony w „mocne papiery”, podpisane przez wysoko postawionych funkcjonariuszy sowieckich władz bezpieczeństwa.
Wagon ze skrzynią doczepiono do pociągu pocztowego jadącego do Odessy. W Odessie przeładowano skrzynię z trumną na statek „Cziczerin”. Aby dodatkowo zabezpieczyć przesyłkę, umieszczono ją w… ładunku zboża, które Sowieci eksportowali pomimo panującego głodu. Statek odbił od brzegu 15 października i obrał kurs na Konstantynopol. Z rządem włoskim ustalono, że jeśli nie będzie żadnego odpowiedniego statku cywilnego, to w ostateczności skrzynia z ciałem bł. Andrzeja zostanie przeładowana w Konstantynopolu na włoski okręt wojenny, który kotwiczył w pobliżu. Pokazuje to, jak ważna była ta sprawa dla kościelnej dyplomacji. Taki priorytet nadał jej zapewne Pius XI.
Po dotarciu „Cziczerina” do Konstantynopola, Delegat Stolicy Apostolskiej abp. Philippi, przekazał o. Gallagerowi, że kapitan okrętu wojennego poinformował go, iż otrzymał rozkazy, aby pomóc, jeśli zajdzie taka potrzeba. Jednak jego wsparcie nie było potrzebne. W Konstantynopolu 27 października (cały statek był poddany pięciodniowej kwarantannie z powodu pogłosek o epidemii w Rosji) przeniesiono ciało z pokładu „Cziczerina” na włoski statek „Canoro”, który płynął do Brindisi. W Rzymie cały czas śledzono drogę relikwii. Czytano depesze napływające z kolejnych punków, gdzie zatrzymywał się transport - Konstantynopola, Aten, Brindisi. 1 listopada, w uroczystość Wszystkich Świętych relikwie przybyły wreszcie do Rzymu. Na stacji kolejowej oczekiwał ich prałat Giuseppe Pizzardo, późniejszy kardynał. Szczątki męczennika spoczęły w kaplicy św. Matyldy na Watykanie.
Ledwie o. Gallager zjawił się w jednym z rzymskich kolegiów jezuickich, w drzwiach jego pokoju zjawił się po chwili generał zakonu, Polak o. Włodzimierz Ledóchowski. Dzięki otrzymywanym informacjom wiedział on, co do minuty, o jego przebyciu.
Następnego dnia, 2 listopada 1923 r., o. Gallager udała się na prywatną audiencję do papieża Piusa XI. „Usiądź, mój drogi ojcze. Nieważne ceremonie. Cały dzień byłem zajęty przeprowadzaniem audiencji, a teraz chcę usłyszeć z pierwszej ręki historię naszej misji w Rosji” – usłyszał na początku. Kiedy zdał relację z przebiegu misji i sytuacji Kościoła w Rosji Sowieckiej, papież zapytał, czy ktoś kiedykolwiek się zastanawiał, dlaczego jest on tak zainteresowany odzyskaniem relikwii błogosławionego Andrzeja. Nie czekając na odpowiedź, odparł: „Cóż, powiem ojcu. Jak ojciec wie, w czasie wojny byłem nuncjuszem apostolskim w Warszawie i kiedy polska armia wkroczyła do Rosji, poszedłem z nią w jednym celu: aby odzyskać szczątki błogosławionego Andrzeja Boboli. Polski generał (Piłsudski) nacierał w kierunku Witebska, niedaleko Połocka, gdzie w tym czasie znajdowało się ciało, i zgodził się, że jeśli je zdobędzie, każe zabrać relikwie z kościoła, abym mógł je przywieźć do Rzymu na przechowanie. Zbliżyliśmy się do miasta, ale nigdy go nie zdobyto i od tego dnia do dziś czekam na ciało świętego męczennika".
4 grudnia 1923 przeprowadzono badanie ciała męczennika. Porównano je z opisem z autopsji dokonanej w 1917 r. W 1857 r. odcięto część lewego ramienia, które trafiło do Rzymu. Teraz je przyniesiono i okazało się, że pasuje idealnie do reszty zwłok. Tożsamość ciała stwierdzono ponad wszelką wątpliwość. Rozprawiono się w ten sposób z wątpliwościami, które pojawiły się w prasie, czy aby Sowieci nie przekazali ciała kogoś innego.
W Rzymie trumna z relikwiami Andrzeja Boboli czekała na kanonizację, która miała miejsce 17 kwietnia 1938 r. Na tę uroczystość do Rzymu przybyło ponad 30 tysięcy Polaków.
Dwa miesiące później specjalny pociąg zawierający wagon-kaplicę przywiózł srebrną trumnę z ciałem męczennika do ojczyzny. Trasa pociągu wiodła od granicznych Zebrzydowic przez m.in. Kraków, Katowice, Poznań i Łódź aż do Warszawy. Wszędzie męczennik był witany przez ogromne tłumy ludzi, duchowieństwo, władze państwowe wraz z asystę wojskową. 19 czerwca podczas uroczystości na placu Zamkowym w Warszawie prezydent Ignacy Mościcki złożył na trumnie Andrzeja Boboli swój Krzyż Niepodległości jako wotum. Ten gest głowy państwa można by odczytywać jako udekorowanie świętego męczennika za jego zasługi dla odzyskania niepodległości. Tak był też rozumiany przez współczesnych. Byłby to chyba zatem jedyny akt odznaczenia kogoś medalem państwowym za zasługi dokonane po śmierci.