Rzym bardzo uroczyście pożegnał relikwie męczennika – procesja z trumną rozciągała się na dwa kilometry. Uroczystość miała nie tylko charakter kościelny, ale i państwowy, o czym świadczy udział wojska i oddziałów paramilitarnych. Prasa włoska obszernie relacjonowała pożegnanie trumny z polskim świętym.

W uroczyście oświetlonej bazylice Il Gesu 8 czerwca o godz. 18 kardynał Marmaggl celebrował ostatnie nabożeństwo w Rzymie nad trumną świętego. W prezbiterium na fotelach okrytych purpurą zasiedli kardynałowie Verde, Lauri, Serafini, Fumasoni-Biondi, Sibilia, Tisserant, Caccia, Dominioni, Jorio i Cattani oraz biskupi Dubowski, Łukomski i Niemira. Za nimi zajęli miejsca gubernator miasta watykańskiego markiz Serafini, gubernator Rzymu książę Colonna, przedstawiciele obu ambasad polskich, generał jezuitów o. Włodzimierz Ledóchowski i liczni reprezentanci kurii rzymskiej oraz delegacje licznych zakonów. W głównej nawie zgromadzona była liczna grupa rzymskich Polaków oraz pielgrzymi przybyli z kraju, z prałatami Janasikiem i Zakrzewskim na czele.

Kazania do tłumu wiernych wygłosili po włosku o. Massaruti, który mówił o cnotach świętego. Następnie kazanie po polsku powiedział prowincjał polskich jezuitów o. Stanisław Sopuch, który mówił o znaczeniu przewiezienia relikwii św. Andrzeja Boboli do zmartwychwstałej Polski. Po skończonym nabożeństwie dwunastu jezuitów wzięło na barki trumnę, aby przenieść ją na samochód.

Gdy trumna opuściła bazylikę, wielotysięczne rzesze zgromadzone na placu przed kościołem zaczęły wznosić okrzyki: „Viva il Santo Polacco, viva Polonia!" Po chwili polscy pielgrzymi zaintonowali: „Kto się w opiekę… ".

Na czele procesji kierującej się na dworzec Termini szły chóry kolegiów Hungaricum i Germanicum, następnie kilkuset księży w białych komżach, przedstawiciele duchowieństwa różnych obrządków, wreszcie mail chłopcy z palmami, symbolem męczeństwa, w rękach. Obok trumny, przewożonej na ustrojonym kwiatami samochodzie, szli kardynałowie i biskupi. Za trumną jechali członkowie ambasady polskiej przy Watykanie i konsul generalny. Za nimi ogromny orszak jezuitów, kleru polskiego i włoskiego, pielgrzymów, delegatów stowarzyszeń katolickich i ludu rzymskiego. Barwne stroje ludowe polskich pielgrzymów kontrastowały z czarnymi sutannami duchowieństwa. Powszechną sensację wzbudzał wspaniały strój magnacki (autentyczny z XVII w.) księcia Andrzeja Lubomirskiego: kontusz, żupan ze złotymi guzami, safianowe buty, pas słucki i karabela.

Na pożegnanie świętego we wszystkich kościołach rzymskich biły dzwony. Procesja szła przez via Ara Coeli, Plac Wenecki. Warta przed grobem Nieznanego Żołnierza zaprezentowała broń. Przed bazyliką Santa Maria Maggiore orszak się zatrzymał. Chóry zaintonowały hymn na cześć polskiego świętego. Na peronie oddział wojska włoskiego oddał honory relikwiom. Tłum wiernych otaczał srebrną trumnę, ludzie dotykali jej różańcami i medalikami. Z tłumu słychać było głosy: „Santa Polacco, prega per noi", czyli: "Święty Polaku, módl się za nami".

Trumnę na dworcu żegnał charge d'affaires przy Stolicy Apostolskiej Stanisław Janikowski oraz zaczynający swą misję w stolicy Włoch ambasador Bolesław Wieniawa-Długoszowski. Jezuici przenieśli trumnę do wagonu-kaplicy. O godz. 21.30 specjalny pociąg odjechał. Wraz z pielgrzymką do Polski udał się główny mistrz ceremonii papieskich ks. Carlo Respighi, który z polecenia Ojca Świętego miał towarzyszyć relikwiom do końca uroczystości w Polsce. Od granicy węgierskiej relikwie eskortował również asystent słowiański przy generale jezuitów o. Preszeren.