Swą akcją z 23 czerwca władze komunistyczne chciały skompromitować kościół i religie. Liczyły one, że relikwie rozpadną się i będzie można ogłosić „oszustwo” kleru mamiącego „obywateli katolickich”. Przeświadczenie władz bolszewickich wynikało z faktu, że w prawosławiu istnieje przeświadczenie, iż to właśnie zachowanie ciała jest dowodem świętości oraz, że są one niezniszczalne. W katolicyzmie świętości dowodzą znaki z nieba – cuda dziejące się za wstawiennictwem świętego. Komuniści już latem 1919 planowali dokonania „sprawdzenia” relikwiarza Andrzeja Boboli, ale energiczne protesty abp. Cieplaka i Centralnego Komitetu Katolickiego powstrzymały ich od tego. W liście do Rady Komisarzy Ludowych ks. abp. wyjaśniał, że oddając cześć prochom świętych, katolicy polecają siebie ich wstawiennictwu przed Bogiem i nie przypisują tym prochom niezniszczalności, jak to kłamliwie piszę prasa.
Ponieważ zamiar skompromitowania Kościoła nie udał się za pierwszym razem. Bolszewicy powzięli wtedy zamiar wywiezienia ciała bł. Andrzeja z Połocka. Na nic się tym razem zdały protesty abp. Cieplaka. Z Moskwy nadeszła depesza do władz bolszewickie w Połocku. Czytamy w niej: „proszę mi nadesłać wiadomości wyczerpujące o tym jakie to są relikwie, czy zostały sprawdzone a jeśli nie — to kiedy nastąpi ich sprawdzenie i przesłanie do muzeum moskiewskiego lub innego i czy przewidziano wszystkie środki zapobiegawcze przeciwko podnieconym i fanatycznie usposobionym wyznawcom tych relikwii oraz jak się zapatrują na to masy pracujące”.
20 lipca 1922 r. uzbrojeni bolszewicy wdarli się do kościoła. Pobili broniących go wiernych, zabijając jedną z kobiet. Trumnę za zwłokami wywieziono do Moskwy i złożono w gmachu Wystawy Higienicznej Ludowego Komisariatu Zdrowia. Na nic zdał się protest przeciwko grabieży i żądanie zwrotu trumny wysłany do Kalinina przez abp. Cieplaka.
Początkowo trumna była dostępna dla zwiedzających. Komuniści ze zgrozą zauważyli, że zwiedzający ludzie modlą się przy niej! Nie o to wszak chodziło! Przeniesiono ją zatem niezwłocznie do pomieszczenia magazynowego niedostępnego dla publiczności.
Władze komunistyczne miały świadomość, że te relikwie mogą być przedmiotem dyplomatycznych targów z Polską. Jeden z przedstawiciel władz sowieckich zasugerował ks. Zielińskiemu z Moskwy, aby sobie tę trumnę zabrali i wywieźli do Polski. Abp. Cieplak co prawda stal na stanowisku, że relikwie powinny wrócić do Połocka i nie mogą być przedmiotem targów, ale w zaistniałej sytuacji zgodził się na ich wywiezienie. Strona kościelna domagała się, aby przed wywiezieniem ich za granicę, relikwie zostały przeniesione z muzeum do któregoś z moskiewskich kościołów.
Władze sowieckie chciały, aby to rząd Polski formalnie zażądał wydania relikwii i aby wydał zwłoki pięciu komunistów rozstrzelanych w 1919 r. w okolicach Łap. Inna plotka, opublikowana w polskich gazetach głosiła, że domagają się wypuszczenia grupy więzionych komunistów lub rezygnacji z części złota należnego nam na mocy traktatu ryskiego. Abp. Cieplak wydelegował nawet dwóch duchownych do pertraktacji z rządem sowieckim (m.in. wspomnianego ks. Zielińskiego który wysłał nawet do kurii warszawskiej telegram, że za kilka dni przybędą do Warszawy zwłoki Andrzeja Boboli). Jednak takiemu załatwieniu sprawy przeciwstawił się Naczelnik Państwa Józef Piłsudski, który zażądał, aby dla należnego prestiżu państwa polskiego, przed wszystkim ciało Andrzeja Boboli wróciło z należnymi honorami do kościoła w Połocku. Na to jednak nie chcieli się zgodzić komuniści.
Aby wyjaśnić cała sytuację opinii publicznej, z polecenia Gabriela Narutowicza, który był wtedy ministrem spraw zagranicznych, w „Kurierze Porannym” 1 listopada 1922, piśmie zbliżonym do obozu rządzącego został opublikowany obszerny artykuł opisujący stanowisko władz polskich. Wychodząc z racji czysto państwowych i narodowych (widząc w profanacji akt przeciwko polskości na trenie Rosji Sowieckiej, a katolicyzm był jej głównym filarem), wyjaśniał, że rząd polski domaga się ukarania winnych profanacji i ponownego złożenia uprowadzonych relikwii do świątyni. Interes Polski i Kościoła wymaga, aby jego zwłoki zostały ponownie złożone w „kresowej świątyni”. Wygnanie ich z Rosji byłoby wielkim upokorzeniem zarówno dla Polski i Kościoła – dowodził artykuł. Dalej napisano, że ks. Zieliński z Moskwy i ks. Budkiewicz z Petersburga pertraktowali z władzami sowieckimi bez porozumienia z rządem polskim. „Z politycznego punktu widzenia tego rodzaju inicjatywa była o tyle niewłaściwa, że powinno było raczej zależeć na tym, aby relikwie kapłana, umęczonego przez fanatyzm prawosławny pozostały na miejscu jako widome świadectwo bohaterskiej kulturalnej pracy polskiej na kresach w epoce, w której szerzenie katolicyzmu równoznacznie było z zatykaniem słupów granicznych kultury naszej na wschodzie.” Akcja tych księży dała pretekst sowietom, aby sprawę relikwii przenieść z gruntu zobowiązań traktatowych na zwykle targi dyplomatyczne - wyjaśniał rząd polski w zaprzyjaźnionej gazecie. Zapewne takie było stanowisko rządu polskiego w rozmowach z Ciczerinem, gdy ten był w Warszawie na przełomie września i października. Nastąpił dyplomatyczny pat. Sprawa zwrotu ciała bł. Andrzeja Boboli została rozwiązana dopiero w następnym roku, gdy w sprawę zaangażowała się Stolica Apostolska.